De beschikbare bestandsstructuren zijn: OmniGraffle-document: een OmniGraffle-document. U kunt het bestand instellen op alleen-lezen zodat het niet kan worden bewerkt en u kunt gekoppelde afbeeldingen aan het bestand toevoegen zodat ze correct voor andere gebruikers worden weergegeven.
PDF-vectorafbeelding: PDF-structuur (Portable Document Format). Dit is een structuur die op verschillende platforms kan worden gebruikt en ondersteuning biedt voor vectorcomponenten en bitmaps.
TIFF-bitmapafbeelding: TIFF-structuur (Tagged Image File Format). Deze structuur ondersteunt transparante objecten.
PNG-bitmapafbeelding: PNG-structuur (Portable Network Graphics), een veelgebruikte structuur voor het web. Deze structuur maakt gebruik van de zogenaamde "lossless" compressie, waarmee de details van een afbeelding behouden blijven en de bestandsgrootte wordt verkleind. Deze structuur ondersteunt transparante objecten.
JPEG-bitmapafbeelding: een veelgebruikte compressiestructuur voor afbeeldingen. Met deze structuur kunt u de afbeeldingskwaliteit verlagen zodat de bestandsgrootte kleiner wordt.
EPS-vectorafbeelding: EPS-structuur (Encapsulated PostScript). Deze structuur wordt veel gebruikt door professionele drukkers.
HTML-imagemap: een hypertextbestand en een JPEG-, PNG- of GIF-afbeelding. In het originele OmniGraffle-document worden URL-acties in de imagemap als koppelingen gecodeerd, zodat u op de afbeelding kunt klikken om de URL te openen. (Acties op lijnen worden niet opgenomen, maar acties in lijnlabels wel.)
OmniOutliner 3: representatie van het diagram als tekstopbouw, waarbij gebruik wordt gemaakt van verbindingslijnen tussen vormen om een hiërarchie te creëren. Dit werkt minder goed bij diagrammen die geen strikte boomstructuur hebben.
SVG-vectortekening: een open internetstandaard die gebruikmaakt van XML.
PICT-vectorafbeelding: een oudere Macintosh-afbeeldingsstructuur.
Photoshop®-afbeelding: de bestandsstructuur van het veelgebruikte programma voor beeldbewerking.
BMP-bitmapafbeelding: een oudere afbeeldingsstructuur.
OmniGraffle-diagramstijl, OmniGraffle-sjabloon, OmniGraffle-figuur: bronnen voor OmniGraffle.
Visio® XML-document: de op XML gebaseerde bestandsstructuur voor diagramprogramma's van Microsoft®.
Afhankelijk van de gekozen bestandsstructuur zijn er verschillende opties beschikbaar. Bij de meeste structuren kunt u in het venstermenu Exportgedeelte instellen welk gedeelte van het document u wilt exporteren. Huidige selectie: hiermee worden alleen de objecten geëxporteerd die momenteel zijn geselecteerd.
Alle objecten: hiermee worden alle objecten op het canvas geëxporteerd, met uitzondering van de lege gedeelten.
Gedeelte: hiermee kunt u opgeven welk gedeelte van het canvas moet worden geëxporteerd.
Huidige canvas: hiermee wordt het hele canvas geëxporteerd.
Gehele document: hiermee wordt alles geëxporteerd, waarbij van elk canvas een afzonderlijk afbeeldingsbestand wordt gemaakt.